iTOL绘制进化树

iTOL绘制进化树

通常呢我们应用clustalw进行比对,比对之后呢,利用MEGA(话说现在MGEA X(https://www.megasoftware.net/)已经出来了哦!)进行建树,建树后,我们需要对进化树进行美化作用,通常会用到Figtree,evolview,或者是iTOL。当然需要保持为*.nwk的格式(要是不明白这个文件怎么来的,你可以参考这篇文章怎样构建进化树http://blog.sina.com.cn/s/blog_5eb2fefb0101gny0.html),这样我们才可以利用iTOL在线工具进行绘图。

以下是其余两个软件的地址:

Figtree:http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/

Evolview:http://120.202.110.254:8280/evolview/#login

今天主要是讲解iTOL,到现在已经有两个版本了,但是我还是习惯性的用第一个。话不多说上网站:

版本一:https://itol.embl.de/

版本二:http://itol2.embl.de/itol.cgi

1、注册:

首先你需要注册一个账号,很简单的,只需要邮箱即可。

2、上传*.nwk格式的进化树

点开后是这个样子

3、绘图(鼠标中间滚动可以放大放小)

给进化树添加颜色和标记

当完成绘图后保存时,均是以屏幕显示大小作为输出结果,切忌不要把树的那一部分给遮盖了。建议保存为SVG格式,可以用AI进行处理和导出,这样图片的清晰度会很清楚。

最后附上官网的优秀图片:

引用:

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