NCBI数据下载

NCBI数据下载

最近看大家都说NCBI的数据不好下载,我也是觉着是,反正就是坑,既然是坑,明知道,但是,往下跳吧…

——–蚂蚁生信

以下均为我个人理解,错误了还望指正,谢谢

1、想要用Aspera 下载数据,我觉着还是要先看一下链接中有没有这个数据,如果有,那下载就方便了,我需要下载SRR5907429这个数据,我先到下面这个链接去查找。依次查看SRR—>SRR590—>SRR5907429—>SRR5907429.sra

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/



找到了,这样我们就可以如下,就下载到本地目录了,当然,直接点击也是可以下载的。有时候直接下载快多了

ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR590/SRR5907429/SRR5907429.sra ./

以下为本人实测(2019.09.02),最高可达60左右

要是找不着呢,别不相信,还真有的,如果找不着的话,直接搜索,然后wget,或者查看ascp咋啦?如何从NCBI上下载sra数据?先选中,然后,再然后,最后,就得到了*.csv的文件。


以下就是下载的链接,直接下载还是挺快的,我看到有的用电脑直接跑,怕啥,下载快,走起…

直接下载实测,相比我在微信实测慢多了


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