常见的植物数据库(更新-Ing)

作者 smyang2018 在归档软件学习

主要数据库(植物基因组数据库详见:
http://www.gzxuexi.xyz/?page_id=1063 )

更新日期:2020/04/19

转录因子数据库

1.大家熟悉的PlantTFDB

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

BLAST:在这里你可以预测你的序列是否为转录因子,blast类型,物种的选择,贴入你需要预测的序列,设定值,开始blast ,就可以得到你需要的结果了

2.还有iTAK这个数据库

http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi

3.肯定的还有一个PlnTFDB (3.0)

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

4、关于引物设计数据库,包含多个物种,别人已设计的

https://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/

5、植物基因富集分析(在线),涉及物种不少,有需要的请前往

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/index.php

6、水稻表达数据库(内容丰富,包含多种表达数据,共表达,还有ftp,直接下载的FPKM)

http://expression.ic4r.org/#