常见的植物数据库(更新-Ing)

作者 smyang2018 在归档软件学习

中国植物主题数据库

http://www.plant.csdb.cn/

1、NCBI, 美国国立生物技术信息中心 想必大家一定不陌生的数据网站就是它了

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2、Uniprot,蛋白数据库,需要的时候找它

https://www.uniprot.org/

3、KEGG, 京都基因与基因组百科全书

https://www.kegg.jp/

4、InterPro

https://www.ebi.ac.uk/interpro/

5、DDBJ:https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html

6、 
Phytozome :https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#

7、http://plants.ensembl.org/index.html

8、https://solgenomics.net/

9、http://genomes.cribi.unipd.it/grape/

10、http://www.plantgdb.org/MtGDB/

11、http://solanaceae.plantbiology.msu.edu/pgsc_download.shtml

12、http://rice.plantbiology.msu.edu/

13、https://www.arabidopsis.org/index.jsp

14、http://www.medicagohapmap.org/home/view

15、ftp://ftp.kazusa.or.jp/pub/eggplant/

16、http://www.kazusa.or.jp/lotus/

17、http://www.plantkingdomgdb.com/tea_tree/

18、http://www.kazusa.or.jp/genome/

19、https://www.ebi.ac.uk/interpro/

20、http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/index.php

21、http://ted.bti.cornell.edu/

22、https://www.rosaceae.org/

23、http://peargenome.njau.edu.cn/

TAIR:https://www.arabidopsis.org/


RICE:http://rice.plantbiology.msu.edu/


Sol genomic Network:https://solgenomics.net/


TGRC(Tomato Genetic Resoure Center):https://tgrc.ucdavis.edu/


Grape 12X:http://www.genoscope.cns.fr/externe/GenomeBrowser/Vitis/


Grape Genome:http://genomes.cribi.unipd.it/grape/index.php


Maize:https://www.maizegdb.org/


Citrus sinensis:http://citrus.hzau.edu.cn/orange/index.php


Ensemblplants:http://plants.ensembl.org/index.html


Phytozome12:https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html


Plant Genome Duplication Database:http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/index/locus


NCBI db:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db


NCBI genomes:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/

NCBI的数据ftp

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/

关于数据怎么下载,请参考:ascp咋啦?如何从NCBI上下载sra数据?

转录因子数据库

1.大家熟悉的PlantTFDB

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

BLAST:在这里你可以预测你的序列是否为转录因子,blast类型,物种的选择,贴入你需要预测的序列,设定值,开始blast ,就可以得到你需要的结果了

2.还有iTAK这个数据库

http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi

3.肯定的还有一个PlnTFDB (3.0)

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/